导致指甲盖凹凸不平有小坑的原因有以下几点：
1、甲癣：是由于皮肤癣菌、念珠菌等真菌感染引起，可出现指甲凹凸不平有小坑，还可表现为甲板晦暗，指甲变形、增厚等症状，可使用抗真菌药物进行治疗。
2、银屑病甲：银屑病累积指甲时，可出现顶针样甲的改变，表现为指甲盖凹凸不平的小坑。
3、甲周皮肤性疾病：如甲周皮肤湿疹、扁平苔藓，当其累积甲母质时，可引起甲板点状的凹陷。
4、甲营养不良：如机体缺乏微量元素或者患有甲状腺疾病时，可引起甲营养不良，从而导致甲板凹凸不平。
5、环境因素：当长期接触水或化学制剂时，可导致甲板损伤，从而出现指甲凹凸不平有小坑，应该尽量避免接触。
6、遗传因素：甲面凹凸不平有小坑还可能与遗传有关。
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